1946년 서울대학교 의과대학 및 부속병원의 출범 당시 내과는 제1~4내과와 전염병내과 등 5개의 내과로 구성되었다. 대체로 제1내과는 호흡기, 제2내과는 소화기, 제3내과는 순환기 분야 전공자로 구성되었고, 제4내과는 신장내과를 표방했다. 전염병내과는 각종 전염병이 창궐했던 당대의 시대상을 반영해 독립적으로 출범했다. 한국전쟁 이후 내과는 호흡기, 소화기, 순환기, 전염병의 4개 내과로 정비되었다. 그러던 1958년 한심석 교수의 주도로 내과의 통합이 단행됨으로써 내과는 단일 조직으로 재편되었다. 


통합 이후 20년만인 1978년 7월, 내과는 호흡기, 순환기, 소화기, 혈액종양, 내분비신장 등 5개의 분과를 정립했다. 기존 체제로는 혈액학, 종양학, 내분비학, 신장학 등을 충실하게 연구, 진료할 수 없었던 것이다. 이어서 1980년 8월 알레르기내과와 신장내과가, 1988년 10월 감염내과가 분과로 독립했다. 2001년 8월 류마티스내과가 감염내과에서 독립함으로써 내과는 9개 분과 체제를 갖추고 현재까지 발전해왔다.