1955년 서울시는 미8군과 이탈리아 정부가 설립했던 병원을 개편하여 시립영등포병원을 개원했다. 그러나 적자 경영, 병원 운영과 조직문화의 경직성, 의료인력의 부족 등으로 양질의 의료서비스를 제공하지 못했다. 1987년 서울시는 우수한 의료인력과 풍부한 병원운영 경험을 갖춘 서울대병원에 시립영등포병원의 수탁 운영을 제안했다. 



당시 서울대병원은 3차 진료기관으로서 만성병환자와 중증환자가 많았다. 단순질환자 진료기회가 적어 전공의 및 학생 교육에 약점이 있었다. 인사적체로 직원들의 사기저하도 심했다. 서울대병원은 2차 진료기관인 시립영등포병원의 수탁 운영에 동의했다.

 

1987년 9월, 서울시와 서울대병원은 시립영등포병원의 위ㆍ수탁 운영계약을 체결했다. 10월 1일에는 노관택 서울대병원 이비인후과 교수가 초대 원장에 취임했고, 12월 1일부터 진료가 시작되었다. 1991년 시립영등포병원은 동작구 신대방동 보라매공원 인근으로 신축 이전하여 보다 넓은 의료공간을 마련했다. 이때 병원 명칭도 서울특별시 보라매병원으로 바뀌었다. 

 
2000년대 들어 보라매병원은 기존 건물들을 리모델링하여 ‘행복관’, ‘희망관’, ‘사랑관’을 완공함으로써 새 병원이 되었다. 우수한 의료인력과 다빈치 로봇수술 장비, 파스칼 레이저, PET-CT, 최첨단 자동화 시스템 등의 의료장비를 갖추고 환자 진료와 국내외 공공의료 활동에 정진함으로써 우리나라 제일의 ‘모범 공공병원’으로 거듭났다.