서울대학교병원은 1990년대 중반부터 21세기형 의료정보관리시스템 구축에 역량을 집중했다. 1994년 1월 의료정보실을 신설하고, 1999년 3월 정보화추진위원회 발족과 동시에 6.3테라바이트(TB)의 대용량 컴퓨터 가동식을 개최했다. 1999년 10월 14일 종합의료정보시스템을 본격 가동하여 환자의 지난 20년간 진료 기록을 한 눈에 보면서 진료, 검사, 수납, 예약을 진행하는 의료 서비스를 시작했다. 



2003년 1월 서울대학교병원은 의료정보센터를 설립하여 디지털병원 실현에 박차를 가했다. 2004년 10월 15일 서울대학교병원은 전자의무기록시스템 ‘BESTCare’를 본격 가동했다. 전자의무기록(EMR)은 수 백 가지에 이르는 진료기록을 디지털 데이터로 관리 및 검색할 수 있는 최첨단 의료전산시스템으로서, 종이의무기록에서 전자의무기록으로 혁신적인 전환이 일어난 것이다. 특히 2009년 6월 EMR 시스템으로는 세계 최초로 정보보호관리체계 국제표준규격인 ISO27001 인증을 획득하여 탁월한 보안수준을 입증했다. 


2014년 8월 의료정보센터는 정보화실로 확대 개편되었다. 2016년 11월 19일 서울대학교병원은 차세대 병원정보시스템 ‘SNUH BESTCare2.0’을 본격 가동하여 최신 IT기술로 정확하고 안전한 진료환경 구축에 성공했다.