2005년 한 해 동안 서울의대와 서울대학교병원이 SCI(Science Citation Index, 과학 논문인용 색인) 등재 학술지에 발표한 논문수가 1,065편인 것으로 조사되었다. 이는 국내 단일 의료기관으로는 처음으로 1천 편을 돌파한 것이어서, 의료선진국과 어깨를 나란히 하며 의료 국제화 시대를 선도할 수 있는 역량을 갖춘 것으로 평가 받았다. 그동안 서울의대와 서울대학교병원은 2000년 496편, 2001년 616편, 2002년 685편, 2003년 915편, 2004년 917편을 기록해왔다.


2007년 1월 대한민국의학한림원의 조사에 따르면, 1975~2006년 동안 국내 의학자가 SCI 등재 학술지에 발표한 논문 중 논문의 질적 수준을 가늠할 수 있는 50회 이상 피인용 논문수 조사에서 서울의대 소속 의료진이 총 65편을 발표해 가장 많은 것으로 나타났다. 최다 피인용 논문은 서울의대 내과 손대원 교수의 논문으로 총 305회 인용되었으며, 50회 이상 피인용 논문을 3편 이상 발표한 저자 8명 가운데 서울의대 교수가 4명을 차지했다.