1995년 9월 한국 임상시험 역사에 획기적 전기가 마련되었다. 국내 최초 임상시험기관으로 임상평가센터가 어린이병원 별관에서 문을 연 것이다. 1997년 임상평가센터는 임상시험센터로 개칭되었고, 1998년 5월 임상의학연구소가 준공되면서 이 건물 3층으로 이전했다. 이로써 국내 최초로 국제 수준의 임상시험을 수행할 수 있는 시설과 인프라를 갖추게 되었다. 실험실 연구와 임상시험의 균형 발전과 더불어 국내 의약품 및 의료기기 개발 역량을 키울 수 있게 된 것이다. 


2004년 임상시험센터는 보건복지부 지역임상시험센터에 최초로 선정되어 다국적 제약기업의 글로벌 신약개발을 효율적으로 수행할 수 있는 인프라를 확충했다. 2007년 리노베이션을 통해 시설, 장비, 인력 등 모든 면에서 국제적으로 인정받는 임상시험 기관으로 위상을 확립했다. 2011년 암병원에 종양임상시험센터를, 2012년 어린이병원에 소아임상시험센터를 개소했다. 2012년 보건복지부 지정 초기임상시험 글로벌 선도센터(GREATS)로 선정되어 세계 유수의 초기임상시험 허브로 자리매김했다. 2013년 단일 연구기관으로 세계에서 가장 많은 임상시험을 수행함으로써 세계 최고 수준의 임상시험센터임을 입증했다.