대한제국 정부는 1899년 3월 24일 의학교관제를 공포했고, 의학교는 같은해 9월 4일에 개학했다. 의학교의 교육연한은 3년이었다. 교과목은 동물, 식물, 물리, 화학, 해부, 생리, 약물, 내과, 외과, 안과, 종두 등 16과목이었다. 교장 지석영을 비롯해 김익남, 유세환, 유병필 등의 교관들이 학생교육을 비롯해 학사 운영을 이끌어 나갔다. 모든 경비는 나라에서 부담했다. 의학교는 당시의 학제(學制)상 법관양성소와 더불어 최고 수준의 학교였다.

 
1902년 7월 4일, 마침내 19명의 학생들이 졸업시험을 통과했다. 우리나라 안에서 역사상 처음으로 근대식 의사들이 배출된 것이다. 졸업생들은 졸업과 동시에 의사로서의 모든 자격과 권리를 인정받았다. 당연히 개원도 할 수 있었다. 그러나 1907년 한국 군대가 강제 해산될 때까지 그들은 주로 군의관으로 근무하면서 장병의 질병 치료에 주력했고, 더 나아가서 한국 사회에 근대의학을 정착시키고 확산시키는 데 기여했다.