대한의원은 1907년 3월 10일 대한의원관제가 공포되고, 3월 15일에 시행되어 공식 개원했다. 의정부 직속기관으로서 환자 치료는 물론 의학교육과 국가의 위생업무 전반을 관장하는 ‘중앙병원’이었다. 위치는 15세기 말 조선 성종 때 조성된 함춘원(含春苑)이었다. 1908년 5월 대한의원 본관 건물이 완공되었고, 같은해 10월 공식 개원식이 열렸다. 대한의원은 당대 동아시아 전역에서도 손꼽을 정도의 규모와 시설을 자랑하는 초대형의 최신식 병원이었다. 

 

대한의원은 내과, 외과, 산과, 부인과, 소아과, 안과, 이비인후과, 피부과, 치과 등 전문분과별로 나누어진 근대적 종합병원이었다. 의학교를 인계하여 ‘대한의원 교육부’(후에 ‘대한의원 의육부’)를 두고 4년제 의학교육을 실시했다. ‘대한의원 의육부’가 ‘대한의원 부속의학교’로 개편된 뒤에는 약학과, 산파과, 간호과가 추가되어 모든 의료인을 양성하는 기관으로 발전했다. 

 
20세기 초 우리나라의 근대의학은 확고한 표준을 갖지 못한 상태였다. 이때 대한의원은 근대의학의 분과 및 교육체계에 표준을 제시했다. 대한의원 창설을 계기로 근대의학과 의료는 확고한 지위를 구축했으며, 대한의원에서 교육 받은 조선인 의학도들은 우리 사회 내에 서양 근대의학을 정착시키는 데 기여했다.