1926년 경성제대 의학부가 문을 열었다. 경성의학전문학교 교수진의 상당수가 경성제대 의학부로 자리를 옮겼고, 경성의학전문학교 졸업생들도 경성제대 의학부에서 연구를 계속했다. 1928년 조선총독부의원이 경성제대 의학부 부속의원으로 개편되었다. 제국대학 부속의원에 걸맞게 임상연구동이 신축되고, 병동들도 증ㆍ개축되었다. 외래진료소는 주로 일본인이나 경제적 형편이 좋은 한국인들이 이용했다. 시료외래진료소는 한국인 서민환자들의 몫이었다. 환자들 가운데는 독립운동가들도 있었으며, 도산 안창호도 경성제대 의학부 부속의원에서 세상을 떠났다.

 
경성제대 의학부의 한국인 학생들은 일본인 학생들과 잘 어울리지 않았다. 일본인 학생들이 대다수인 기숙사에는 들어가지 않았고, 한국인 학생회나 다름없었던 축구부에는 100% 가입했다. 한국인 학생들의 사회현실에 대한 관심과 항일의식도 높은 편이었다. 학생들은 1930년대에 비밀 독서회 활동을 벌이며 일제에 저항했고, 1944년에는 비밀결사인 조선민족해방협동당에 가입해 무장투쟁을 준비했다. 경성제대 의학부를 졸업한 한국인은 모두 314명이었으며, 그들 중 대다수는 해방 후 의학 교육, 연구, 진료에 정진해 한국 의학의 자립과 발전을 주도했다.