1946년 8월 미군정은 경성대학, 경성의학전문학교(이하 ‘경의전’)를 비롯한 9개 관립 전문학교와 사립인 경성치과의학전문학교를 통합해 ‘국립서울대학교’를 출범시켰다. 처음에는 경성대학도, 경의전도 반대하는 입장이었다. 그러나 1947년 2월경 ‘국립서울대학교 설립안’(이하 ‘국대안’) 반대운동은 국내 정치상황에 연동해서 좌우익 사상대결로 비화되었고, 학교와 상관없이 우익계열은 찬성, 좌익계열은 반대로 양분되었다. 다행히도 1947년 10월경부터 국대안 파동이 수습 국면에 접어들었지만, 국립서울대학교 의과대학과 부속병원이 입은 내상(內傷)은 대단히 컸다. 

 
엄청난 혼란과 갈등 속에서 경성대학 의학부와 경의전이 통합되어 국립서울대학교 의과대학이 출범했다. 서울시 종로구 연건동의 경성대학 의학부 부속의원은 국립서울의대 제1부속병원이, 경복궁 인근 소격동의 경의전 부속의원은 제2부속병원이 되었다. 국립서울의대 부속병원은 제1, 2 부속병원을 합쳐 4개 병동에 249개 병실, 36개 연구실, 외래진료소(787평), 전염병실(169평), 정신과 병실(544평) 등을 갖추었다. 단일 규모의 병원으로 국내 최대였다.